Khan adında oldukça zeki ve bir o kadar da tehlikeli bir adam vardır ve bu adam kötülüklerinden ve yinelemez özelliğinden dolayı Ceti Alpha 5 isimli kimsenin yaşamadığı bir gezegende hapis hayatı yaşamaktadır. Khan'ın tek amacı oğlunun ölümünden sorumlu tuttuğu ve hayatı boyunca da öfkesinin geçmeyeceği Kaptan Kirk'i öldürmek ve cesedi üzerinde tepinmektir. Bu yüzden de sabırsız bir şekilde bu gezegenden kurtulacağı günü beklemektedir. Bir gün gemi kaptanlarından bir tanesi yanlışlıkla Ceti Alpha 5 gezegenine ışınlanır ve Khan'ın dilekleri kabul olur. Bu kaptanın beynini kontrol eden Khan gemiyi ele geçirerek yola koyulur. Daha tamamlanmamış bir proje olan yeni dünyalar ve yaşam formları yaratma makinası da bu gemide bulunmaktadır ve Khan bu makinayı ters olarak çalıştırarak var olan bir dünyayı ve yaşam formunu yok etmeyi amaçlamaktadır. Bu yüzden de Kaptan Kirk bir kez daha ekibini toplayarak yola koyulacak ve günü daha da önemlisi kendisini kurtaracaktır.
